Saksi mata mengatakan serangan udara dan peluru telah menghantam daerah di sekitar kompleks.
Kantor media pemerintah Hamas mengatakan serangan udara Israel telah memberikan perlindungan bagi kendaraan yang ditarik.
Tentara Israel melancarkan operasinya pada 18 Maret yang menargetkan militan Hamas yang dituduh beroperasi dari kompleks tersebut.
Sebelumnya dikatakan 200 militan tewas dalam pertempuran di dan sekitar al-Shifa.
Tentara juga telah merilis rekaman yang diklaim menunjukkan senjata dan uang yang disita dari rumah sakit yang telah digunakan oleh Hamas dan kelompok militan lainnya, Jihad Islam.
Hamas membantah beroperasi dari al-Shifa dan fasilitas kesehatan lainnya.
“Sejumlah mayat, beberapa di antaranya membusuk, telah ditemukan dari dalam dan sekitar kompleks medis al-Shifa,” kata kementerian kesehatan dalam sebuah pernyataan.
Militer Israel “menarik diri dari kompleks medis al-Shifa setelah membakar bangunan kompleks dan membuatnya benar-benar tidak berfungsi”, katanya.
“Skala kehancuran di dalam kompleks dan bangunan di sekitarnya sangat besar.”
Seorang wartawan Agence France-Presse di tempat kejadian mengatakan beberapa bangunan di dalam kompleks telah rusak, dengan beberapa daerah menunjukkan kerusakan akibat kebakaran.
Seorang dokter mengatakan lebih dari 20 mayat telah ditemukan dan beberapa telah dihancurkan oleh kendaraan yang mundur.
Dengan ratusan ribu Gaan mengungsi akibat perang, ratusan orang mencari perlindungan di kompleks al-Shifa sebelum operasi.
Pasukan Israel pertama kali menyerbu al-Shifa pada November, tetapi mengatakan militan telah kembali.
Serangan udara mematikan menghantam daerah lain di Jalur Gaa Senin pagi, sementara pertempuran berkecamuk di beberapa titik nyala yang terletak di seluruh wilayah.
Setidaknya 60 orang tewas di Gaa pada malam hari, kata kementerian kesehatan, Senin.
Perang meletus ketika Hamas melakukan serangan yang belum pernah terjadi sebelumnya terhadap Israel, yang mengakibatkan sekitar 1.160 kematian di Israel, sebagian besar warga sipil, menurut penghitungan Agence France-Presse dari angka resmi Israel.
Kampanye pembalasan Israel telah menewaskan sedikitnya 32.782 orang, sebagian besar wanita dan anak-anak, menurut kementerian kesehatan Gaa.
Militer Israel pada hari Senin mengumumkan 600 tentara Israel telah tewas sejak dimulainya perang.
Selama serangan 7 Oktober, militan Palestina juga menangkap sekitar 250 sandera Israel dan asing.
Israel yakin sekitar 130 sandera masih berada di Gaa, termasuk 34 yang diduga tewas.
Perang telah menghancurkan sebagian besar Gaa, termasuk beberapa fasilitas kesehatan, dan memicu peringatan kelaparan di kalangan penduduk sipil.
Sebuah resolusi Dewan Keamanan PBB pada 25 Maret menuntut “gencatan senjata segera” dan pembebasan semua sandera yang ditahan oleh militan, tetapi resolusi yang mengikat telah gagal untuk mengekang pertempuran, termasuk di dalam atau sekitar rumah sakit.
Kepala Organisasi Kesehatan Dunia Tedros Adhanom Ghebreyesus mengatakan dalam sebuah posting di platform media sosial X bahwa serangan udara Israel pada hari Minggu menghantam “sebuah kamp tenda” di dalam kompleks rumah sakit Al-Aqsa di pusat Gaa, menewaskan empat orang dan melukai 17.
Militer Israel membantah bahwa rumah sakit itu rusak, mengatakan pada X bahwa salah satu pesawatnya telah “menyerang pusat komando Jihad Islam operasional dan teroris yang diposisikan di halaman Rumah Sakit Al-Aqsa di daerah Deir al Balah”.
Ketegangan telah meningkat antara Israel dan pendukung utamanya Amerika Serikat atas jumlah korban sipil yang terus meningkat, dan terutama atas ancaman Israel untuk mengirim pasukan darat ke kota Rafah di selatan Gaa yang ramai.
Sekitar 1,4 juta orang yang meninggalkan rumah mereka di tempat lain di Gaa telah mencari perlindungan di Rafah, satu-satunya bagian dari wilayah yang belum dimasuki pasukan Israel.
Washington tetap menyetujui miliaran dolar bom dan jet tempur untuk Israel dalam beberapa hari terakhir, The Wall Street Journal melaporkan, mengutip pejabat yang tidak disebutkan namanya.
Perdana Menteri Israel Benjamin Netanyahu menjalani operasi hernia yang “sukses”, kata kantornya, Senin.
Dokter telah menemukan hernia pada hari Sabtu selama pemeriksaan rutin, dengan Wakil Perdana Menteri dan Menteri Kehakiman Yariv Levin menggantikan Netanyahu selama operasi.
Netanyahu, yang telah berulang kali bersumpah untuk menghancurkan Hamas dan membawa pulang semua sandera, telah menghadapi tekanan yang meningkat dari Israel yang menuntut pembebasan mereka yang diambil oleh militan pada 7 Oktober.
Ribuan orang turun ke jalan-jalan Yerusalem untuk malam kedua berturut-turut pada hari Minggu, menyerukan upaya yang lebih besar untuk membebaskan para sandera yang ditahan di Gaa dan penggulingan Netanyahu.
Demonstran memblokir jalan raya utama kota setelah sebelumnya berunjuk rasa di depan parlemen Israel, menyalakan api dan melambaikan bendera Israel.
Sementara itu, dalam upaya untuk membantu meringankan penderitaan 2,4 juta orang Gaa, sebuah kapal bantuan berlayar dari negara pulau Mediterania Siprus untuk membawa 400 ton makanan, sebagai bagian dari armada kecil.
Kekuatan asing telah meningkatkan bantuan airdrops, meskipun badan-badan PBB dan badan amal memperingatkan ini jauh dari kebutuhan mendesak dan mengatakan truk adalah cara yang paling efisien untuk memberikan bantuan.